冷凍納豆在食用前需要先解凍，然後攪拌直至出絲，絲越豐富越好。以下是幾種常見的納豆食用方法：
納豆烏冬麪。將攪拌好的納豆放到烏冬麪上，放上水渦蛋，撒上木魚花和海苔碎，再澆上適量的鰹魚汁。
納豆捲餅。將醬油、芥末、香醋、香蔥混合在一起，加入適量的香油。將豆芽和切絲的冬筍放入沸水中焯一下。將納豆拌着香蔥攤在薄餅上，加入豆芽和冬筍捲起來，蘸着甜麪醬一起喫。
納豆蘑菇沙拉。將納豆攪拌幾下，放在空氣中靜置一會兒。將口蘑、玉米粒、青豌豆洗淨後，放入沸水中焯熟。將納豆、口蘑、青豌豆、玉米粒放入碗中，加入醬油、芥末、橄欖油攪拌均勻即可。
納豆什錦小菜。往納豆中加入少許醬油以及青芥末，加入少許的香醋進行攪拌。將黃瓜和胡蘿蔔洗淨後切成丁，加入少許食鹽攪拌。將所有的食材一起加到納豆中，攪拌均勻後，加入少量的醋和白糖即可。
納豆拌飯。把納豆放在熱乎乎的米飯上面喫，就是日本傳統的納豆拌飯。
此外，還可以根據個人喜好添加蔥末、紫菜末、芝麻等調味。注意不要將納豆處理得過熱，以免納豆菌死滅，失去其應有的營養價值。