初音未來的亞種數量眾多，其中一些知名的包括：
亞北音留。並不是初音未來的直接亞種，而是在風波中誕生的角色，與弱音並列為最受歡迎的亞種之一。
弱音白。弱音系列的角色，性格設定為悲觀、負面、妒忌別人才能，經常借酒澆愁感嘆自己沒有音樂才華。
四季初音。包括春初音（桜ミク）、夏初音（夏ミク）、秋初音（秋ミク/楓ミク）和冬初音（冬ミク/雪ミク），每個季節的初音都有不同的形象和特點。
鋼音未來。保留了初音的基本原型，以狂野的表情、黑色基調的服裝、青灰色頭髮為主要特點。
雜音未來。設定為崩壞、神格化、黑化、聲帶崩壞，高戰鬥力的角色，性格開朗樂觀。
此外，還有雪未來、楓初音、冰音琉、骸音等眾多亞種。這些亞種都是在官方認可的範圍內，基於初音未來的形象進行二次創作而產生的。