加工中心的操作方法主要包括以下步驟：
開機前準備。檢查工具機潤滑系統中的潤滑油是否充足，不足時應及時補充；打開壓縮空氣開關和電氣櫃後面的總開關；啟動數控系統，並進行自檢；檢查電機、主軸和其他部件，確保無異常噪音、振動或過熱現象。
工作檯準備。確保工作檯面清潔；安裝夾具和工件，使用虎鉗等工具夾緊工件，以防其在加工過程中移動。
對刀操作。將主軸移動到合適位置；在手動模式下，使用手輪或單步方式將尋邊器慢慢移向工件，直到提示「水平方向已經到位」，記下此時的機械坐標X值；將工具機回零，安裝加工刀具，切換到手輪模式；搖動手輪使用刀棒對刀，並記下此時的機械坐標Z的數值。
加工程式輸入與調試。設定加工參數（如切削速度、進給速度、切削深度等）；通過數控系統輸入加工程式；在微機上進行模擬加工，確認程式無誤後，再進行實際加工；在自動加工前，確保快速移動倍率開關和進給倍率開關處於低檔；啟動數控程式，開始加工，過程中注意觀察刀具軌跡和剩餘移動距離。
工件檢測與卸載。加工完成後，取下工件進行尺寸檢測；進行質量分析，清理加工現場；關機。
此外，操作者需要熟悉工具機的操作順序和性能，嚴禁超性能使用設備；必須經過培訓、考試或考核合格後，持證上崗；在主軸停止狀態下調整冷卻液噴嘴；工具機運轉時不要靠近工具機運動部件；加工過程中不要打開工具機防護門或觸摸運動部件。