化石的種類有很多，包括但不限於以下幾種：
實體化石。指古生物遺體本身全部或部分被保存下來的化石，如昆蟲化石、猛獁象化石等。在嚴密封閉或嚴寒冷凍的條件下，可以保存完整的實體化石，但多數化石僅能保存生物的硬體部分，如骨骼、牙齒等。
模鑄化石。指生物遺體在底質、圍巖、填充物中留下的印模和復鑄物，根據與圍巖的關係可以分爲印痕化石、印模化石、模核化石、鑄型化石和複合模化石等。這些化石可以反映原來生物的外表形態及構造特徵，有時也可以保存一些生物軟體的印痕，如植物葉子的印痕等。
遺蹟化石。指古代生物生活活動時，在底質沉積物表面或內部留下的痕跡和遺物，如脊椎動物的足跡、動物的排泄物或卵化石等。這些化石可以揭示古代生物的生活習性和環境特徵。
此外，還有一些特殊的化石類型，如化學化石、琥珀化石等。化學化石是指古代生物的遺體雖然未能保存下來，但組成生物的有機成分經分解後形成的各種有機物如氨基酸、脂肪酸等，在岩層中仍可保留下來。琥珀化石則是指保存在琥珀中的古代生物遺體或遺蹟，如昆蟲、植物碎片等。這些化石爲研究地球歷史和生物演化提供了寶貴的證據。