北京最好的科室因專業不同而有所差異，具體如下：
腫瘤科。中國醫學科學院腫瘤醫院和北京大學腫瘤醫院在全國排名靠前。
血液科。北京大學人民醫院和北京協和醫院表現突出。
心血管外科和心血管內科。阜外心血管病醫院和北京安貞醫院在全國排名領先。
神經外科。北京天壇醫院在神經外科領域表現卓越。
神經內科。北京協和醫院和首都醫科大學宣武醫院是北京的佼佼者。
內分泌科。北京協和醫院和北京大學第一醫院在全國排名較高。
胸外科。中國醫學科學院腫瘤醫院和北京大學人民醫院表現優異。
乳腺外科。北京協和醫院和中國醫學科學院腫瘤醫院在全國排名靠前。
普通外科。北京協和醫院和中國醫學科學院北京協和醫院、中國人民解放軍總醫院在全國排名領先。
呼吸內科。中日友好醫院、北京協和醫院和中國醫學科學院北京協和醫院在全國排名靠前。
此外，北京積水潭醫院是全國骨科領域的佼佼者，北京大學第一醫院是北京最好的兒科醫院。