“十三行博物館”有兩個不同的地點，分別位於中國臺灣和新廣東，以下是對這兩個地點的詳細介紹：
位於中國臺灣新北市八里區。這是一箇以考古發現爲基礎的博物館，建立在1957年地質學者林朝綮發現的史前鍊鐵遺蹟和史前陶片、石支腳等物品的發現地點。這個博物館的設計理念來源於考古發掘及先民乘船渡海來臺的意念，通過不同的建築羣來表達山與海、過去與現在的意象。十三行博物館隸屬於臺北縣政府，是北臺灣第一座考古博物館。
位於中國廣東省廣州市荔灣區。這是一箇專題性歷史博物館，建立在清代十三行商館區遺址上，成立於2016年。館藏文物4800件（套），包括廣州彩瓷、通草畫、廣繡、象牙器、外銷扇、五常傢俱以及銀器、琺琅器、玻璃畫、水彩畫、油畫等，涵蓋了清代廣州的主要外銷工藝品。該館常設“清代廣州十三行歷史展”和“王恆、馮傑伉儷捐贈文物專室陳列展”。