清洗菩提子的方法有多種，主要包括以下幾種：
溫水浸泡法。將菩提子放入溫水中浸泡約30分鐘，使用軟毛刷輕輕刷洗表面，然後用清水沖洗乾淨。注意不要用過熱的水，以免損壞菩提子的質地。
檸檬汁清洗法。將檸檬切成小塊，加入清水和鹽攪拌後，用軟毛刷蘸取檸檬汁輕輕擦拭菩提子表面，然後用清水沖洗。
白醋清洗法。將白醋稀釋在清水中，將菩提子浸泡約30分鐘，再用軟毛刷輕刷表面，最後用清水沖洗。
手工清洗。使用乾淨的毛巾、棉質手套、橄欖油等工具，先擰乾毛巾擦拭菩提子表面，然後用棕刷或牙刷蘸橄欖油順時針擦拭，對於難以清除的污垢，可使用鋼針小心剔除。
超音波清洗。使用超音波清洗機，將菩提子放入適量清水中清洗，之後用清水沖洗並用毛巾擦乾。
乾燥與保養。清洗後，應使用乾淨的毛巾或醫用化妝棉吸去多餘水分，然後將菩提子放在陰涼通風處自然晾乾，避免陽光直射或高溫烘烤。
在清洗過程中，要注意使用溫和的方式，避免用力過大或使用過熱的水，以免損壞菩提子。