打磨千眼菩提子的方法通常包括以下步驟：
初步打磨。使用100目或200目的砂紙，去除表面的外皮，注意在打磨時要順著紋路進行，以保持其天然的觀感。
精細打磨。使用240目砂紙進一步打磨，使花紋略顯，對於紋理較深的地方，可以嘗試將砂紙對摺進行打磨。
清晰花紋。使用800目砂紙進一步打磨，使花紋更加清晰。
表面光滑。使用1200目砂紙打磨表面，使其變得光滑平整。
初步拋光。使用2000目砂紙進行初步拋光，拋光後，使用海綿或乾淨的軟布輕輕擦拭掉表面的粉塵。
此外，打磨過程中，可以使用水磨的方式，即將菩提和砂紙浸水打濕後再進行打磨，這有助於保持菩提子的濕潤度，防止開裂。打磨完成後，可以將千眼菩提子密封陰乾幾天，以利於其進一步穩定和上漿。需要注意的是，打磨時手法要穩準狠，同時最大限度保留原有的溝槽紋路。