南京兩日游的推薦行程如下：
第一天：
鐘山風景區：包括中山陵、明孝陵、靈谷景區等，這裡是南京必游的景區，可以提前線上預約中山陵，明孝陵需要現場購票。
太平天國歷史陳列館：門票30元，可以了解太平天國歷史，現場購票或網上購票均可。
瞻園：步行10幾分鐘就可以到，江南庭院風格，適合拍照打卡。
中華門：中國現存規模最大的城門之一，旁邊是南京城牆博物館。
大報恩寺：中國歷史上最為悠久的佛教寺廟，前身為明成祖朱棣為紀念明太祖朱元璋和馬皇後而建的琉璃寶塔。
老門東：南京傳統民居聚集地，這裡風景一般，但是小吃非常多。
第二天：
橋北濱江生態公園：看日出，這裡人非常少，可以享受寧靜的早晨。
鼓樓公園：始建於明代洪武十五年(1382)，紅牆青瓦，矗立在城市之中。
玄武湖：中國古代最大的皇家湖泊園林，也是江南皇家林園，至今已經有1500多年歷史。
雞鳴寺：緊挨著玄武湖，南朝四百八十寺之首，有著1700年的歷史。
總統府：孫中山宣誓就職的地方，也是蔣介石曾經辦公的場所，既有古代傳統的江南園林，也有近代的遺留建築。
以上行程可以根據個人興趣和時間進行調整。南京的美食也不容錯過，如南京大牌檔的烤鴨包、美齡粥，以及金宏興鴨子店的鴨子等。在南京旅遊時，還可以體驗乘坐南京捷運的便利，以及在夫子廟秦淮河區域感受南京的民俗文化。