南京大學退步的原因主要有以下幾點：
院系拆分：南京大學在院系拆分後，原本實力雄厚的學科在發展方面減弱，導致在與其他高校的競爭中失去了強有力的競爭力，名次逐漸下降。
社會需求調整：社會對人才的需求發生了變化，導致一些高校的學科結構調整，南京大學也受到影響，出現了一些學科的退步。
工程技術薄弱：南京大學在自然科學學科方面實力雄厚，但在工程學科方面相對薄弱，這使得學校在吸引新一屆教授時面臨挑戰，同時也影響了學校在工程領域與其他院校的競爭。
學術氣氛問題：南京大學的學術環境存在一些問題，如教師之間缺乏凝聚力，內部存在內訌，與外校教師相比，不擅長聯合與協作。此外，教師之間競爭激烈，對缺點較多的教師當選院士構成障礙，這反映了一個不協調的學術環境。
以上幾點是南京大學退步的主要原因，具體情況可能還有其他因素。