南懷瑾的去世原因和過程如下：
去世原因：南懷瑾先生因感冒引發了肺炎，進而導致心肺衰竭。
去世過程：
最初，南懷瑾在上海復旦大學附屬中山醫院接受治療，但病情加重，時有病危消息傳出。
2012年9月29日下午4時，南懷瑾在蘇州太湖大學堂逝世，享年95歲。
在生命的最後階段，南懷瑾選擇了入定坐化的方式，而不是繼續接受治療。這一決定在他入院後不久就做出了，並且在10天后的“真正”去世之前，他的病情有所好轉。
綜上所述，南懷瑾的去世是由於感冒引發的肺炎，最終導致心肺衰竭。他的去世過程包括了從病情加重到選擇入定坐化的決定，以及病情好轉但最終未能逆轉的轉折。