南瓜的保存方法有多種，可以根據南瓜是否已經切開以及保存時間的長短來選擇。
對於未切開的南瓜，最佳的保存方法是將它們放置在陰涼乾燥且通風良好的地方，比如閣樓或地下室，遠離陽光直射，可以保存幾個月。如果需要放入冰櫃冷藏，應先將南瓜表面的瓜瓤颳去，用廚房紙覆蓋切口處並包裹好，以減少水分流失和防止變質，這樣可以保存半個月到一個月。
對於切開的南瓜，可以先用廚房紙或紙巾吸乾切口處的水分，然後用保鮮膜或保鮮袋密封包裹，儘量排出空氣，這樣可以使其在冰櫃中保存半個月到一個月。另一種方法是，在切開的南瓜切口處撒上一些食鹽，用手塗抹均勻，食鹽具有殺菌作用，然後用保鮮膜包起來，放入冰櫃冷藏室，可以保存一個月左右。
此外，還可以通過冷凍的方式來保存南瓜。可以將南瓜切成小塊或蒸煮後裝入容器中密封保存，這種方法適用於短期內的保存（幾天到一周左右）。如果需要長期保存，可以將南瓜切成小塊或蒸煮後徹底冷卻，然後放入密封袋中冷凍，這樣可以保存幾個月到一年。