南衙北司是中國古代官僚制度中的兩個概念。南衙是中央政府機關的代稱，北司則是指宮中禁軍和北門內省的官僚。
南衙一般指中央政府各部門及其所屬機構，按照“三師”、“三公”、“三省”、“六部”的順序排列，它是一個相對固定的機構序列，隋唐以後基本不變。
北司則指唐朝的門下省、內侍省以及神策軍使等機構。由於門下省起初權力顯赫，號稱“南牙”，而北司（神策軍）的權力逐漸在事實上超過了南衙（中央政府）。門下省被稱為南衙，由宰相主掌國家政令、百司官制，統籌朝政事務；北司稱北門，主掌神策軍權。唐代以後門下省的實際權力往往受到諸藩鎮所節制的諸軍的影響。而北宋的殿前司禁軍後來逐漸掌握了宰相才能決定的事務。在唐代後期到宋代前期這一段時間裡，門下省（或殿前司）在名義上和實際上一直擁有重兵，位高權重，因此它的勢力要大於同僚諸省。
總之，南衙北司在古代官僚制度中具有重要地位，它們的權力鬥爭也反映了當時政治局勢的變化和中央政府的運作方式。