聖嬰現象的形成原因是一個多因素共同作用的結果，主要包括以下幾點：
信風減弱。太平洋赤道地區的信風減弱，這可能導致暖水積聚在太平洋中部和東部，引起海溫異常升高。
地球自轉角速度減慢。這可能導致大氣環流發生變化，進而影響全球氣候模式。
海底火山爆發和地震。這些自然現象可能會通過改變海底地形或引發海嘯間接影響海洋環流，從而激發聖嬰現象。
大氣環流氣壓帶風帶的周期性南移。這種自然的氣候變化會導致東北信風越過赤道並轉變為西北季風，進而減弱東南信風。這種轉變會影響赤道逆流和熱帶暖水的分布，從而對全球氣候產生影響。
南極冰川面積的變化。冰川面積的減小會增加通過德雷克海峽的海水量，減少北上的冷海水，從而減弱秘魯寒流，增強聖嬰現象；相反，冰川面積增大則會增強秘魯寒流，減弱聖嬰現象。
這些因素共同作用，導致太平洋中東部海面溫度異常升高，進而引發全球範圍內的氣候異常，如某些地區出現異常降水、乾旱、高溫等。