在口袋妖怪黑的三周目中，玩家 將面 臨新的挑 戰和 機遇。以下是主要的攻略 內容：
家中事件。 進入三周目 後，玩家回到自己的家，下 樓不 會有特 別的 劇情等待。
橙 華森林探索。直接 前往橙 華森林中部， 這裡有 一個新的入口 開放。
稀有妖怪捕捉。在橙 華森林中，有 機 會捕捉到Lv.30的雪拉比。此外，在世界 狹 縫中，面 對挑 戰者小智，他的 隊伍 包括Lv.100的 天蠍王、赫拉克 羅斯、蜥蜴王、 噴火 龍、皮卡丘和卡比 獸。
火箭 隊再遭遇。再次 與火箭 隊交 鋒，他 們的 隊伍 包括Lv.100的梅卡 陽 瑪、 雙 彈瓦斯、阿柏怪、大食花、果然翁和海月水母。
夢世界之行。 進入 夢世界 後， 前往 夢源 鎮最南部的房子休息。有 機 會捕捉到Lv.50的克雷 賽利 亞。
紅 蓮之窟探 險。 繼 續前行 進入 紅 蓮之窟，探索直到 發 現新的洞口。有 機 會捕捉到Lv.30的 維 庫提尼。
其他探 險。 包括 前往112 號道路的 熱焰小 徑 進入神之 領域捕捉Lv.40炎帝，以及在天 氣研究所得知特定地 區 氣候 後 前往相 應地 點捕捉特定的神 獸等。
此外， 還有在特定地 點如119 號道路的天 氣研究所、120 號道路的冥想之窟等捕捉特定的高 級口袋妖怪。 這些口袋妖怪通常具有 較高的 級 別和 強大的能力， 對玩家的 戰鬥策略提出了更高的要求。