古史辨派在五四時期興起，二三十年代活躍，由顧頡剛創立。該學派在研究古史時存在幾個顯著的不足：
未能充分結合考古發現：
古史辨派在研究過程中，未能充分利用考古發現來考辨古史，導致其研究在一定程度上侷限於“古書辨”而非更廣泛的古史辨僞。儘管顧頡剛意識到考古工作和地下實物對於古史辨僞的重要性，但由於資源和精力的限制，他主要將研究範圍限定在辨僞史的較小領域內。
研究方法上的不足：
古史辨派在研究方法上存在不當之處，包括過分依賴默證法、未能審慎處理史料、以及對於摻雜神話的傳說和純粹神話的界限缺乏清晰區分。這些方法上的不足，使得他們在處理史料時可能忽視了某些證據，或者對證據的解釋過於主觀。
對某些史料的過度懷疑：
古史辨派在某些情況下對史料持有過度的懷疑態度，例如懷疑《左傳》全部爲僞作，這種極端的懷疑態度不僅增加了研究的難度，也使得一些學者不得不投入大量精力來證明這些史料的真實性。
綜上所述，古史辨派在研究古史時，存在未能充分利用考古發現、研究方法上的不足以及對某些史料過度懷疑等問題。這些問題限制了他們對古史的全面和深入理解。