古菌域主要包括以下三個界：
嗜泉古菌界（Crenarchaeota）
廣域古菌界（Euryarchaeota）
初生古菌界（Korarchaeota）
這些界構成了古菌域的基本分類，它們是單細胞微生物，具有與細菌和真核生物不同的生物化學特徵和代謝途徑。古菌域的生物在極端環境中生存，如高溫、高鹽、強酸或強鹼性條件。古菌的細胞結構和代謝特性與細菌有很多相似之處，但在基因轉錄等分子生物學過程中，它們更接近真核生物。古菌的膜脂由甘油醚構成，與大多數細菌和真核生物的甘油酯細胞膜不同，這種差異可能是對極端環境的適應。