可可粉結塊的原因主要是由於其高脂肪含量和過高的儲存溫度。在脂肪易熔化的溫度下，可可粉中的遊離脂肪酸會向可可的分子表面移動並覆蓋住表面，使得可可顆粒變得黏稠，容易結塊。此外，儲存時間也會讓脂肪轉化成爲遊離脂肪酸，增加結塊的情形。