合成方法包括多種不同的技術，主要用於化學和生物領域。以下是一些主要的合成方法：
酶學法合成。這種方法以RNA為模板，通過逆轉錄合成cDNA，是獲得真核結構基因的最主要和最常用方法。由於分離RNA單一組分通常很困難，所以合成的cDNA分子往往是混雜的，可能需要使用基因分離法進行分離。此外，這種方法不易得到全長的互補DNA分子，因此還需要進一步剪下和拼接。
化學合成法。使用化學方法或結合酶學法來合成目的基因。這種方法自1979年以來已廣泛套用於合成近百種基因，如胰島素基因、干擾素基因等。使用此方法的前提是已知所要合成的基因的序列。
有機合成方法。包括正向合成分析法和逆向合成分析法。正向合成分析法從已知原料開始，逐步推向合成的目標有機物。逆向合成分析法在設計複雜化合物的合成路線時常用，它從目標化合物倒退一步尋找上一步反應的中間體，該中間體與輔助原料反應可以得到目標化合物。
順合成法。也稱為正向思維法，從已知原料入手，找出合成所需的中間產物，逐步推向待合成的有機物。
逆合成法。採用逆向思維方法，從產品組成、結構、性質入手，逆推出合成該物質的前一步有機物。如果該有機物不是原料，則進一步逆推其製備過程。
綜合比較法。採用綜合思維方法，比較正向思維或逆向推導出的幾種合成途徑，從而得出最佳合成路線。
這些方法各有特點和套用範圍，選擇哪種方法取決於要合成的化合物性質、可用資源和最終目標。