同源序列克隆法是一種分子生物學技術，用於克隆目的基因。該方法的基本步驟包括：
製備載體：首先需要製備線性化載體。這可以通過酶切或PCR的方式來實現。
設計目的片段引物：在目的片段的上下游引物5'端引入大約15-25bp的載體末端同源序列。
擴增目的片段：使用PCR技術擴增目的片段，使得其兩端加上與載體末端相應的同源序列。
重組反應：將線性化載體和目的片段按比例混合，進行重組反應。通常在50℃下反應20分鐘。
轉化與鑑定：將重組產物轉化到受體細胞中，塗布於平板上，並挑取克隆進行陽性鑑定。
同源序列克隆法的特點包括快速性和套用的廣泛性，它不受特定生物種類的限制。這種方法在植物抗病基因的克隆中得到了廣泛套用，如從大豆、豌豆、馬鈴薯等多種植物中克隆了約50個抗病基因。這些基因賦予植物對病毒、細菌、真菌、線蟲和昆蟲等病原物的特異性抗性。儘管這些基因來自不同的植物種屬，其編碼的蛋白質產物在結構上具有極大的相似性，如富含亮氨酸重複序列（LRR）、核苷酸結合位點（NBS）等。
同源序列克隆法相對於傳統的基因克隆方法（如圖位克隆法和轉座子標籤法）具有一定的優越性，因為它不需要構建高密度的分子標記連鎖圖譜，也不依賴於特定的生物種類，因此在廣泛植物中得到普遍套用。