開具含運費的發票時，需要遵循以下步驟：
明確運費收費：首先，需要與客戶達成運費收費的明確協議，包括運費標準、調整項、減免項等。
覈實發票信息：在運費物流發票上註明發票抬頭、稅號、開票單位地址、電話等信息，確保客戶能夠收取正規的發票。
結構化列明費用：貨物的運費可能包含多項收費，如固定運費、每公里運費、保價費、燃油費、滯納金等，需要在發票上對這些項目進行一一列明。
開具標準的發票：按照標準格式開具發票，滿足稅務局的要求，並確保發票的正規性，減少不必要的糾紛。
增值稅發票的開具：
如果銷售貨物並提供運輸服務，運費可以作爲價外費用和貨物一起開具增值稅專用發票，按照貨物適用稅率計算交納增值稅。
對於一般納稅人僅提供運輸服務，可以按11%的增值稅稅率開具增值稅專用發票。
如果銷售商品時運費由銷售方承擔，銷售方支付給運輸單位的相關運費，根據獲得的運輸單位開具的運輸發票，確認銷售費用及增值稅進項稅。
如果銷售商品購銷合同中明確商品銷售價格含運費，銷售方開具同一張增值稅專用發票，向購買方一併收取的運費應做價稅分離，分別確認銷售額和銷項稅。
如果銷售商品的運費由購買方承擔，並且承運單位的發票開具給購買方，銷售方代墊的運費作爲暫付款，不影響銷售額和增值稅額。
會計處理：在會計處理上，對於貨物本身的費用，借記應收賬款，貸記銷售收入；對於運輸費用，借記運輸費用，貸記應付賬款。處理完畢後，在發票上分別列出貨物本身的金額、稅額和運輸費用及其對應的稅額，並遵守當地稅務規定。