呋喃二甲酸的合成方法有多種，以下是幾種常見的合成方法：
格氏反應法：使用2,5二溴呋喃作為原料，通過格氏反應生成格氏試劑，然後與二氧化碳反應，進一步酸化得到高收率的目標產品2,5呋喃二甲酸。
Henkel反應法：以糠醛為原料，使用納米CuO為催化劑，在60℃KOH水溶液中由空氣氧化糠醛，然後於250℃、CO2氣氛下由鋅鹽催化糠酸鉀進行Henkel反應，生成呋喃二甲酸二鉀鹽和呋喃，呋喃二甲酸二鉀鹽酸化後得到2,5–FDCA。
全細胞生物轉化法：利用甲基桿菌(methylorubrum extorquens)am1作為全細胞催化劑催化底物5-羥甲基糠醛得到2,5-呋喃二甲酸。
以上方法各有優缺點，可以根據實際情況選擇合適的合成方法。