命令檔案有兩種不同的含義：
在行政和法律文檔的語境中，命令檔案通常指的是由國家元首、政府首腦或高級行政官員發布的官方檔案。這些檔案具有法定的權威性，可以是任免令、公布令、行政令或嘉獎令等類型。它們用於公布行政法規、規章，宣布重大強制性行政措施，或表彰有功人員和先進單位。命令檔案一旦發布，就必須無條件地執行，違反或抗拒執行可能會受到處罰。
在計算機和軟體開發的語境中，特別是在Linux作業系統中，命令檔案（cmd檔案）是指連結器配置檔案，它存放連結器的配置信息，用於指明如何連結程式。這類檔案通常以.cmd為後綴，其內容指導編譯器如何將程式的各個部分組合成最終的執行檔。
綜上所述，命令檔案可以指代具有法定權威的行政命令文檔，也可以指代在軟體開發中用於指導連結過程的配置檔案。