咖啡的發酵過程主要涉及日曬法、水洗法和蜜處理法，其中厭氧發酵是一種較新的處理方式。
日曬咖啡的發酵。日曬咖啡的發酵過程涉及將咖啡鮮果晾曬乾燥，這個過程也是發酵過程，咖啡鮮果的果肉與自然中的菌種相互作用進行發酵。
水洗咖啡的發酵。水洗咖啡的發酵過程是在咖啡鮮果脫去果皮和清洗果膠後，將其浸入清水中進行發酵，直至達到理想的酸鹼度。
厭氧發酵。厭氧發酵是一種較新的咖啡豆處理方式，這種處理法是在咖啡發酵的過程中製造出一箇無氧的環境，依靠酵母菌進行發酵。在這個過程中，厭氧菌和喜歡氧氣的菌都能產生出較多的好風味。這種處理方式最早是從紅酒的製作法中找到靈感。
蜜處理咖啡的發酵。蜜處理咖啡的發酵過程是一種介於日曬和水洗之間的方法，咖啡果肉部分被去除，但與日曬和水洗相比，剩餘的果膠部分更多，這爲微生物提供了更多的食物來源，從而促進更復雜的發酵過程。