咖啡的處理方法有多種，主要包括以下幾種：
水洗處理法：這種方法最突出咖啡的原生風味。整個過程包括去除咖啡果的完全果皮果肉，在浮選池中進行多次沖洗浸泡。由於果膠很早脫離出去，發酵對咖啡的影響不會很大，口感相對來說更清新幹淨。
蜜處理：處理方式與風味表現介於日曬與水洗之間。特點是保留部分果肉果膠進行晾曬發酵。基於保留不同的果膠含量，又分爲白蜜、橘蜜、紅蜜、黑蜜。白蜜的口感更接近水洗，黑蜜的口感更接近日曬。
溼刨法：在咖啡豆進行溼式或乾式發酵後，再洗淨果膠，短暫晾曬至生豆含水量達25—35%，即提早刨除種殼，以生豆進行乾燥，發酵程度低於上述三種處理法。
機械脫膠法：在製作脫果肉過程中，不使用水去沖刷，這樣可以儘量保留果膠同時節省水資源。
日曬處理法：這是最傳統的處理法。咖啡果實收回來之後，整個會平鋪在地面或者乾燥牀上曬乾，過程中會不斷翻動以保證曬得均勻。時間通常在兩到四周的時間，等果皮曬乾變硬後，然後去殼機除去幹硬的果皮。
半水洗處理法：半水洗法是日曬法與水洗法的複合處理法，咖啡櫻桃去劣質豆後倒入果肉刨除機去除果皮和果肉，再把咖啡果實烘乾或暴曬，在咖啡果實含水量降到10-14%的時候利用脫殼機去除黏在咖啡豆上的銀皮。
厭氧處理法：厭氧處理是以日曬、水洗或半水洗爲基礎，將咖啡豆放入無氧環境中進行發酵的方法。這種方法可以增加咖啡的複雜性和濃郁度。
以上各種處理方法都會影響咖啡的最終風味和香氣。