咖啡灌腸的步驟如下：
準備咖啡灌腸液。將咖啡液倒入灌腸袋中，一般初次使用準備500毫升即可，後續可以根據個人情況逐漸增加至700毫升或更多。
調整灌腸液溫度。將灌腸液放涼至與體溫相近的溫度。
準備灌腸工具。在灌腸處（如浴室）鋪上寬大柔軟的浴巾，並準備一箇枕頭供頭部使用。將灌腸袋掛高或放置於高於身體約45~46釐米的位置。
排空氣管。稍微鬆開灌腸管的止流閥，讓少量灌腸液流出，以排出管內空氣。
潤滑肛門插管。在肛門插管前端約5釐米處塗抹潤滑劑，如亞麻籽油或椰子油。
採取灌腸姿勢。身體朝右側躺，雙腿彎曲成胎兒姿勢，放鬆身體並深呼吸。
進行灌腸。慢慢將肛門插管插入肛門約10釐米深，利用灌腸管上的止流閥控制咖啡液流速，不宜過快。
灌腸結束後，建議補充蔬果汁、礦物質以及益生菌，以幫助身體恢復。