四川霉豆腐的製作方法主要包括以下步驟：
準備新鮮的老豆腐，將豆腐切成2至3厘米厚的方塊，然後放在鋪有乾淨玉米葉或稻草的紙箱中，也可以使用蒸鍋或竹篩，豆腐層之間需保持3厘米以上的空隙，側面和紙箱接觸的面也要用玉米葉遮好，以防止水分蒸發，將豆腐放置在陰涼處讓其自然發酵，大約需要12至18天，直到豆腐表面長出毛霉，變得軟弱。
在製作期間，可以將辣椒和花椒炒酥後粉碎，與鹽、胡椒粉按適當比例混合，製成調味料，也可以直接購買辣椒麵和花椒麵。
當豆腐發酵好後，將其放入高度白酒中浸泡，這樣可以起到消毒殺菌的作用，然後，將豆腐放入調味料中，確保四面都均勻裹上調味料。
將處理好的豆腐整齊地放入罈子中，封好壇口，隔日即可食用，隨著時間的推移，豆腐的香味會變得更加濃郁，妥善保存的話，甚至可以保存一年不變質。
以上方法結合了傳統製作工藝和現代方便的做法，可以根據個人口味調整調味料的比例和種類。