《回溯依存攻略》是一款充滿策略和選擇的遊戲。遊戲開始時，玩家可以選擇是否叫醒主角，這個選擇不會影響遊戲的初始數值，初始洞察、魅力和靈巧三項數值都為3。玩家可以選擇的初始數值是111332，如果不滿意數值，可以在後續的遊戲中通過加數值的機會進行調整。
遊戲中的選項和調查都會自動存到筆記本里，玩家可以在主角進行回溯的時候隨時查看沒看過的內容。在遊戲的最後進入結局時，系統會提醒玩家存檔，這是一個蒐集所有角色記憶的好機會。如果玩家沒有在筆記本中儲存某些內容，可以選擇任意選項，因為這些選項不會影響遊戲的進程。
遊戲中的抽卡部分可以隨意選擇，玩家可以回檔看看主角對不同卡的想法。玩家需要打出真結局，解鎖所有角色的記憶，除了夜野角色。達成真結局需要的最高數值為8/4/6，按照筆記本的位置排序。在遊戲中，一般會缺少的CG為第二頁的第二張，玩家需要回溯到舊校舍篇·上，探索第一次夜晚宿舍，調查工具間然後撬鎖，特殊回溯中會多出在茶會上櫃子壞掉的選項。