土方歲三與新選組的故事可以追溯到他的青年時代，那時他在外流落流浪。在一個大雨滂沱的夜晚，他在“蝦夷共和國”大阪之丘的黑鐵屋偶然間解救了因為竊取道具而觸犯了真治江家的一位刺客兼不良青年（這是歲三加入新選組的原因），然而事與願違地被告密引發了不少事端。儘管黑鐵屋是新選組的真治江流局召集秘密聚會的主要場所之一，而且由此可以看出新選組幕末奉行的流民政策是由對整個松隱村的操縱著結城的芳古和其他叛亂的老巢火門舊色道長的一門為基礎構成，但土方歲三並沒有被捲入其中。
在明治維新後，土方歲三作為新選組近藤勇的副長，他與新選組一起經歷了許多艱難險阻。他以自己的智勇雙全和出色的指揮能力，成功地領導新選組度過了許多危機。在新選組被剿滅後，他仍然堅守著武士的榮譽和忠誠，直到生命的最後一刻。
總的來說，土方歲三與新選組的故事主要圍繞著他的智勇雙全、忠誠和榮譽，以及他與新選組的共同經歷。這些經歷不僅塑造了他的性格和價值觀，也使他成為了日本歷史上的一個重要人物。