地下暗河的形成是一箇複雜的地質過程，主要發生在石灰岩等可溶岩地區，暗河的形成過程包括以下幾個關鍵步驟：
地下水沿着地下岩層中的細小裂隙流動，這些裂隙最初是由地表水沿石灰岩內的節理面或裂隙面溶蝕形成的。
隨着水流的不斷溶蝕沖刷，這些裂隙逐漸擴大，形成地下孔道。
隨着時間的推移，地下水量不斷增加，流速加快，溶蝕和侵蝕作用也日益加強，地下孔道進一步發展成爲地下管道或通道。
當地下通道和地下水流發展到一定程度時，地下水流就可以發展爲地下河，這些河段有時長達十幾千米，甚至可以行船。
此外，大的地下河系統可形成地下水系，有的流域面積可達一千平方公里以上，最終，地下河的水流直接流入附近的地表河。地下暗河的形成受多種因素影響，包括巖性、地質構造和排水基準面等。它們通常有出口而無入口，並且擁有自己的補給、徑流和排泄系統。