亞克力魚缸相比玻璃魚缸的缺點主要包括：
容易劃傷。亞克力魚缸表面容易因刮擦而產生細小劃痕，影響觀賞性。
難以清潔。清潔亞克力魚缸時需要小心，以避免使用不當的清潔劑或工具造成損傷。
容易變形。亞克力魚缸可能因長時間使用或暴露在高溫環境中而變形，影響美觀和使用壽命。
易受化學物質影響。對化學物質敏感，可能因不當保養而降低使用壽命。
容易老化。亞克力魚缸表面可能會隨時間發黃，影響透明度和美觀。
價格較高。亞克力魚缸通常比玻璃魚缸更昂貴，尤其是大尺寸的魚缸。
對光照敏感。容易因光照而產生水鹼或黃變，需要定期清潔和維護。
儘管存在這些缺點，亞克力魚缸也有其優點，如輕便、不易碎裂、良好的透光性、強抗衝擊性、長壽命、色彩艷麗和易於加工成型等。