大甲媽祖的故事如下：
當年大甲港口無礁無標，行船之士，唯以大甲媽祖礁為靠泊之所。在明末以前，凡入海口均設防禦城門，由軍民協防把守衛。某年春潮時，宮中老將見大甲港口浩渺無垠，決意為天后建造三川媽祖像，以便船員登岸憩息。經過多次請求，天後降旨，準予建造。老將便以香火代金，眾軍民群起效法，不日即告完成。當晚宮內三川媽祖像化為一道白光，直沖雲霄。這天恰巧媽祖巡遊海疆，白鶴引領前導，眾將士朝拜。突然海面上颳起暴風巨浪，當巡遊至大甲海域時，巨浪波及退縮，海面重又平靜如鏡。天後慈悲普濟群生，使無數海上生靈得以拯救。眾將士興高采烈地朝拜天后娘娘後返航，此時已經抵達港口的船員因朝拜天后娘娘而得救，皆高呼萬歲千歲。自此以後，凡官兵軍民，莫不奉祀如神明。
以上故事為大甲媽祖的傳說之一，雖然這並不是歷史事實，但卻反映了大甲媽祖在台灣的影響力。