天然珍珠的瑕疵主要包括以下幾種類型：
凹形瑕疵。也稱為針孔或酒窩，這種瑕疵表現為珍珠表面的凹坑或小針孔。
凸形瑕疵。也稱為皺紋瑕疵或痘狀瑕疵，這種瑕疵通常是由於珍珠在生長過程中內部包裹了非珍珠層的物質而造成的隆起。
溶解性瑕疵。這是由於珍珠保養不當或過度加工造成的，通常是由酸性物質引起的珍珠層表面溶解，也稱為花斑。
裂縫瑕疵。這種瑕疵可能由於珍珠層的碎裂或珠核碎裂引起，後者是由於養殖場使用廉價珠核所致。裂縫可能由於環境濕度和溫度變化導致的熱脹冷縮，或者是珍珠層內部的有機物乾燥縮小後與珍珠核之間產生空隙（核剝離）。
稜柱層瑕疵。這種瑕疵是由於母貝在孕育珍珠時發生生理異常現象，導致珍珠母被表面出現毛拉拉的微小柱狀結晶體。
此外，根據瑕疵的程度，珍珠可以分為不同的等級，例如A級（無瑕）、B級（微瑕）、C級（小瑕）、D級（瑕疵）和E級（重瑕）。這些等級是根據瑕疵的可見性和大小來劃分的。天然珍珠上的瑕疵是不可避免的，這些瑕疵證明了珍珠的天然性，並使每顆珍珠獨一無二。