太湖水污染的原因主要包括以下幾點：
工業廢水和生活污水的排放。大量未經處理的工業污水排入江河，導致流域內中小城市周圍的水體受到嚴重污染。
農業規模化經營中的農藥和化肥的大量使用。農業活動導致的污染物排放也對太湖水體構成了壓力。
生活污水的增加。人口增長和集中，特別是城市和工業區域的快速增長，增加了生活污水的排放量。
水產養殖的過度發展。水產養殖業的快速發展，特別是集約化養殖，導致了水體富營養化。
藍藻等藻類植物的過度生長。這些藻類的大量繁殖形成了水華，進一步加劇了水體的富營養化。
水土資源組合不平衡及水旱災害頻繁。太湖流域的水資源時空分布不均，加上頻繁的水旱災害，也增加了水體污染的風險。
外資企業的增多。一些已開發國家將污染產業轉移至太湖流域，增加了水體污染的風險。
這些因素共同作用，導致了太湖水質的大幅下降，嚴重影響了流域內的生態環境和社會經濟發展。