好氧堆肥是一種處理有機廢物的方法，主要依賴於好氧微生物的作用。在好氧堆肥過程中，有機廢物中的可溶性有機物質被微生物吸收並利用，而不可溶性大分子有機物則先被微生物分泌的胞外酶分解成可溶性小分子物質後再被利用。
微生物通過生物代謝活動，將一部分有機物氧化成簡單的無機物，並釋放出能量供自身生長和活動所需，另一部分有機物則被轉化為新的細胞物質，促進微生物的生長和繁殖。
好氧堆肥過程中，由於微生物的生化作用，會產生大量的熱量，導致溫度升高，這有助於殺死病原菌和雜草種子，促進有機物的穩定化。好氧堆肥的產物主要包括二氧化碳、水和腐殖質土等。
在堆肥的不同階段，微生物的種類和活性會發生變化，例如，在高溫階段，嗜熱性微生物會取代嗜溫性微生物，進一步分解有機物，促進腐殖質的形成。
總的來說，好氧堆肥是一個複雜的生物化學過程，涉及多種微生物的作用，以及有機物的礦化、腐殖化等過程。