修藥師法門的方法包括以下幾個方面：
禮拜誦經。禮拜包括對佛、法、僧三寶的禮拜，以及對藥師琉璃光如來的禮拜。禮拜後，可以長跪合掌，唱贊偈雲或誦《藥師經》。
持名唸咒。持名即唸誦“南無藥師琉璃光如來”的名號。唸咒包括唸誦藥師琉璃光如來的全咒或心咒。唸咒時應坐或經行，不宜大聲，令自己耳中得聞。
迴向發願。迴向與發願是修持者最重要的事項之一。迴向是先修功德後再以此功德迴向，發願則是修持者根據自己的情況發出的願望。
手印觀修法。藥師佛手印是一種特殊的手印觀修法，包括承藥、合藥、煉藥等步驟，有助於與藥師佛結緣。
持齋與儀式。在修持藥師法門期間，保持清淨心和至誠心是非常重要的。此外，可以燃燈、懸掛“續命神幡”等作爲輔助修行。
這些方法可以單獨或結合使用，根據個人的修行習慣和目標進行選擇。重要的是保持誠心和恭敬，避免形式主義。