分辨公兔和母兔的方法有多種，具體可以根據兔子的年齡和性別特徵來判斷。對於初生仔兔，可以通過觀察生殖器的形狀及與肛門的間距來分辨，母兔的生殖器孔洞扁形且較大，距離肛門較近；公兔的生殖器孔洞圓形且略小，距離肛門較遠。對於幼年兔子（8至10周大），可以觸摸兔子靠近肛門處的陰部，如果能感受到一箇如蠶豆大小的肉塊，則說明是公兔，如果沒有感受到肉塊，則是母兔。對於成年兔子，母兔在發情時會分泌特殊氣味並翹起尾巴擺動來引誘公兔，而公兔在發情時會用力拍擊地面並在母兔後面追逐。
此外，公兔的體型通常較大，頭部也更大，耳朵較長且可能直立；母兔則相對較小，身體較圓潤。公兔有陰囊，隨着年齡增長，睾丸會降至陰囊中；母兔則無睾丸。