分辨染色水晶可以通過以下幾個方法：
觀察顏色分佈。天然水晶的顏色通常是不均勻的，可能伴有絮狀物或針尖樣的包體，形成色帶；染色水晶的顏色通常過於均勻和鮮豔，缺乏自然光澤。
棉籤擦拭法。用棉籤蘸取酒精在水晶表面輕輕擦拭，染色水晶可能會掉色，且長期佩戴後顏色會逐漸變淡；天然水晶則不會出現這種情況。
偏光鏡檢查。將水晶放在偏光鏡下觀察，天然水晶會顯示4次明亮和4次黑暗的變化，而染色水晶則不會有這種現象。
熱水浸泡法。染色水晶在熱水中浸泡一段時間可能會出現褪色；天然水晶則不會。
放大觀察法。觀察髮絲包體的顏色分佈，染色水晶的髮絲包體顏色可能呈現不均勻的斷續狀分佈，且沒有金屬光澤；天然水晶的髮絲包體則較爲自然。
紫外熒光燈觀察法。在紫外熒光燈下觀察，染色水晶可能顯示由染料引起的特殊熒光。
通過這些方法，可以較爲準確地鑑別染色水晶。