製作EM菌的過程包括以下幾個步驟：
準備發酵容器。選擇一箇深色、不透明且密封性好的容器，如50公斤的深色塑料桶。
準備水。加入無菌的乾淨水，可以是涼開水或置放24小時的自來水。
準備紅糖和菌種。紅糖的量爲5斤，菌種爲5瓶。
溶解紅糖和菌種。將10公斤水加熱至沸騰，保持5分鐘後除去雜菌，然後降至35至40°C，加入紅糖1公斤和菌種500克。
加入其他成分。加入食鹽100克、尿素100克，攪拌均勻。
密封發酵。將混合物倒入發酵容器中，密封並保持溫度在35°C左右，每2至3天攪拌一次。
觀察發酵情況。發酵過程中，如果散發出酸甜味道，表明菌種已經擴繁成功。
生產EM原液。準備另一箇容器，加入涼開水100公斤，將擴繁好的菌種母液加入，再加入紅糖10公斤、尿素100克、磷酸二氫鉀100克，攪拌均勻後密閉容器繼續發酵。
再次觀察發酵情況。在夏季發酵7天左右，冬季則發酵15天左右，打開容器，發出酸甜氣味，表明EM原液已經生產成功。
這個過程需要耐心和精確的控制條件，以確保EM菌的成功製備。