清洗水袋的常用方法包括以下兩種：
日常清潔。首先，將水袋內裝滿水，並放入一片清潔片或加入少量洗潔精、檸檬汁、小蘇打或白醋等天然清潔劑；靜置5至30分鐘，期間可以震動或搖晃水袋以幫助清潔；徹底沖洗水袋，直到所有清潔劑都被清除；晾乾水袋。
深度清潔。首先，準備專用清洗工具和中性洗滌液；將適量水和洗滌液裝入水袋，充分起泡；使用清洗工具沾取泡沫，刷洗水袋、吸管內壁和濾嘴；徹底沖洗乾淨；晾乾水袋。
在清洗過程中，建議使用溫水而不是熱水，以避免損壞水袋材質。避免使用漂白劑或沸水。水溫建議不超過60度。在清洗後，應確保徹底晾乾水袋，避免細菌滋生。