清理三元催化器主要有兩種方法：
免拆清洗。這種方法不需要拆卸三元催化器。通常通過在進氣真空管位置輸入專用的清洗劑進行。清洗劑在發動機內通過氧化還原反應，將附著在三元催化器表面的硫、磷等化學物質和汽油燃燒不完全的產物轉變為二氧化硫、二氧化碳等氣體排出，從而清潔三元催化器。這種方法適用於輕度污染的催化器，效果有限，且清洗時間一般至少需要十幾分鐘，更長時間效果更佳。
拆卸清洗。對於嚴重堵塞或頑固污垢的三元催化器，需要將催化器從車輛上拆卸下來，進行深度清潔。通常使用草酸、稀釋的鹽酸等清潔劑浸泡和沖洗。這種方法更為徹底，但需要專業技術和設備，適合在專業的汽車維修店進行。
此外，還有向油箱中添加清潔劑的方法，這種方法操作簡單，成本較低，但對三元催化器的清潔效果有限。定期在高速公路上以高速行駛，通過高溫和高速氣流衝擊三元催化器也是一種清潔方法，但這種方法對清潔效果的影響因情況而異。根據三元催化器的污染程度和具體情況，選擇合適的清潔方法。對於嚴重的污染或堵塞，建議到專業的汽車維修店進行拆卸清洗。