訓練邊境牧羊犬需要耐心和一致性，主要包括以下幾個步驟：
認識自己的名字。給邊境牧羊犬戴上項圈，在餵食時呼喚其名字，直到它有回應再餵食，餵食後要撫摸它，整個過程一般持續3到5天。
訓練邊境牧羊犬認識周邊環境。用牽引繩帶着狗狗熟悉周圍環境，如果有不適或掙扎，立即停止，並給予撫摸和少量食物，使其慢慢適應環境，每天可重複多次，但每次時間不宜過長。同時，可以開始訓練它執行一些簡單的命令，如坐、臥等。
訓練更復雜的動作。在前兩個階段訓練成熟後，可以逐漸去掉牽引繩，訓練更復雜的動作。注意訓練時間不宜過長，開始時15到20分鐘即可。
服從性訓練。培養良好的進食習慣是重要的服從性訓練，例如讓狗狗學會等待再進食，或者在不排斥撫摸的前提下進行脫敏訓練。
基礎動作訓練。訓練如坐、握手、定住等相對簡單的基礎動作，可以在玩耍和互動時教授。
在訓練過程中，要確保狗狗感到舒適和安全，避免急功近利，要逐步建立與狗狗之間的信任和聯繫。