娃娃魚之所以面臨滅絕的威脅，主要是因爲其肉質被認爲非常美味且具有高營養價值，因此在醫藥上也有多種用途。娃娃魚的肉中含有豐富的氨基酸，尤其是人體必需的氨基酸含量比牛肉和鹿肉高，軟骨中含有豐富的硒和不飽和脂肪酸，金屬硫蛋白含量也很高，具有清除人體重金屬離子、避免重金屬中毒以及延長器官衰竭時間的功效。此外，娃娃魚體表分泌的大鯢低聚糖肽具有增加細胞抵抗力、抗衰老、抗氧化、抗疲勞等作用，對燙傷有奇效，並且分子結構小，易於吸收，保健作用顯著。這些特性使得娃娃魚在傳統中醫中被認爲有補氣、養血、益智、強壯、滋補等多重功效。由於這些原因，娃娃魚被過度捕撈，導致其數量減少，處境不妙。
另一方面，目前的保護措施可能會導致不同物種的娃娃魚相互雜交，進而融合爲一個物種，這可能導致其他野外種羣走向滅絕。中國政府鼓勵人工養殖的大鯢放歸野外以恢復野外種羣數量，但在放歸前需要弄清楚人工養殖的大鯢與野外種羣的遺傳分化。如果貿然放歸，可能會導致基因污染，增加基因混淆的風險，這也可能導致野外種羣滅絕。