媽祖的由來故事主要可以分為以下兩個版本：
版本一：據說在宋朝宣和四年（1122年）農曆九月初九，天降神化於湄洲島峰，羽翼媽祖並派四部鬼神助媽祖時顯時隱，呼風喚浪，拯救災民。當大難之後，鄉人感其恩德，就共同立廟以祀。
版本二：在媽祖出生之前，湄洲島一帶經常出現一種奇異的景象：一道道白光從海面和山谷中冒出，直衝雲天，仿佛是天地間有無數個神靈在天空中聚集。媽祖出生時，異香四溢，經月不散。在她出生後，她家的房子上空盤旋著一群五色鳥，聲音清脆宛轉。在媽祖的童年時，她常常獨自在海灘上或山林中遊玩，遇到那些雲遊四方的仙人，從他們那裡學到了許多神奇的法術。當媽祖去世時，天空突然變得一片黑暗，烏雲密布，雷電交加。人們紛紛傳說天空中的景象是神仙在為媽祖送行。
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