製作孵化酶的方法主要有以下幾種：
微生物發酵法：這是最常用的酶製劑製作方法之一。具體步驟包括：選擇適當的微生物菌種，在適合的培養基中進行培養；在一定條件下進行發酵，使微生物分泌出所需的酶；將酶提取出來，並進行純化處理。
細胞破碎法：通過物理或化學的方法將細胞壁打破，從而釋放出細胞內的酶。具體步驟包括：選擇適當的細胞株，在適合的培養基中進行培養；將細胞壁打破，釋放出細胞內的酶；將酶提取出來，並進行純化處理。
基因工程法：通過基因技術來生產所需的酶。具體步驟包括：將含有目標酶基因的DNA片段導入到合適的宿主細胞中；在適合的培養基中培養宿主細胞，使其分泌出所需的酶；將酶提取出來，並進行純化處理。
以上方法可以根據具體情況和需求選擇使用。