密宗使用的佛珠種類繁多，根據不同的法門和目的，會選擇不同材質和顏色的佛珠。以下是一些常見的佛珠材質和對應的法門：
息災法：通常使用正統菩提子和白色珠，如星月菩提、鳳眼菩提、天台菩提、白水晶、沉香、硨磲、法螺、白珊瑚、白鑽石等。
增益法：以黃色珠為主，包括金、銀、金珀、黃蜜蠟、黃水晶、黃虎睛石、黃瑪瑙、黃琉璃、金絲楠、黃花梨、黃金木、檀香木、六道木、白水晶、星月菩提、鳳眼菩提等。
愛敬法（懷法）：以紅色珠為主，包括紫檀、紅珊瑚、紅瑪瑙、血珀、紅水晶、紅寶石、紅虎睛石、石榴石、紅琉璃、紅酸枝、白水晶、星月菩提、鳳眼菩提、蓮花菩提、蓮子、木患子、金、銀、銅等。
降伏法（誅法）：以黑色或藍色珠為主，包括金剛菩提、星月菩提、鳳眼菩提、骨質、青金石、藍螢石、藍琉璃、藍虎睛石、藍珊瑚、藍寶石、黑曜石、黑瑪瑙、紫光檀、黑檀、椰殼、木患子、砭石等。
此外，根據《蘇悉地羯經》和《守護經》等經典記載，不同部派使用的佛珠也有所區別：
佛部：使用菩提子珠。
觀音部：使用蓮花子珠。
金剛部：使用嚕椰叉子珠或金剛子珠。
寶部：使用金等諸寶珠。
蓮花部：使用蓮花子珠。
羯磨部：使用種種和合珠。
近人金安一居士在《密宗輯要》一文中提到，根據不同的修行法門，會使用特定材質的佛珠，如修增法使用琥珀珠，修息法使用水晶珠，修壞法及長壽法使用珊瑚珠，修誅法使用人頭骨珠，修觀音法使用菩提子珠，修一切法均可使用鳳眼菩提子珠。