清洗寶石的方法取決於寶石的類型和所需的清潔程度。對於硬度較高的寶石，如鑽石、紅寶石和藍寶石，可以使用清水清洗，如果污垢較重，可以用稀釋的肥皂水或清潔劑浸泡後用軟毛刷輕輕刷洗。對於中等硬度的寶石，如翡翠、石榴石和蛋白石，建議使用非常柔軟的軟毛刷子沾上中性洗滌液輕輕刷洗，洗後用紙吸掉殘留水分，然後晾乾首飾。低硬度的寶石，如琥珀、綠松石和珊瑚，不宜用水清洗，因爲可能導致開裂，這種情況下應該用柔軟的布擦拭。有機寶石如珍珠，應該使用柔軟的布擦拭，並可塗抹一些護手霜或冷霜以增加光澤。
此外，還有一些特殊方法，如使用超聲波清潔儀，適用於鑲嵌牢固、無裂隙且不怕水的寶石，可以有效地清除污漬。然而，對於有裂隙或有特殊性質的寶石，如祖母綠、有裂痕的紅寶石和藍寶石，使用超聲波清潔儀可能會損壞寶石，因此應避免使用。
在清洗過程中，應注意使用柔軟的工具和布料，避免使用可能刮傷寶石的材料。清洗後，應用乾淨的布擦乾或讓寶石自然風乾。