小家鼠具有強大的繁殖能力，它們可以全年繁殖，特別是在每年的5月至6月份達到繁殖高峰。小家鼠的懷孕期約為20天，產後可以立即再次交配受孕。它們年產通常為6至8胎，每胎產仔6至8隻，有時可達10隻。仔鼠在2～3個月性成熟後即可開始繁殖。
小鼠是多胎哺乳動物，全年都可以進行交配與繁殖。不同品系的小鼠在繁殖能力上可能存在差異。交配後，小鼠會形成陰道栓，這有助於防止其他雄鼠與雌鼠再次交配。雌性小鼠的排卵數量多，一胎能生十幾隻，生育周期短，幾乎每月都能生產。
在飼養方面，為了確保小鼠的健康和安全，可以採取一些措施，如及時分籠防止懷孕的小鼠打架、提供適當的坐窩材料供小鼠製作巢穴、更換乾淨的墊料並保留坐窩紙、補充營養防止吃崽等。小鼠的哺乳期約為20至22天，3周齡後可離乳獨立生活。繁殖方法包括長期同居法和定期同居法，後者使每隻雌鼠的生產周期為42天。近交系小鼠的繁殖則更為複雜，涉及基礎群、血緣擴大群和生產群的不同管理方式。