小火箭的配置方法主要包括以下幾個步驟：
添加配置。小火箭支持從URL或者.conf檔案方式導入配置，還可以從雲端導入。從URL添加配置，可以在小火箭的配置頁面點擊右上角的「+」號，輸入（貼上）配置地址，然後該配置就會添加到「本地檔案」列表中。從.conf檔案導入，打開後綴名為.conf的配置檔案，選擇拷貝至小火箭。從雲端導入，支持從iCloud或者其他網盤方式導入，在配置界面也可以對配置進行上傳、編輯等操作。
編輯配置。點擊已經導入本地檔案的配置，可以對配置進行編輯。
更新配置。適合以URL方式導入的規則，可以在配置的遠程檔案處，點擊所選遠程檔案網址，彈出選單選擇使用配置，重新導入配置，就是該遠程檔案最新的配置了。
此外，小火箭還支持代理、直連和場景切換等功能。代理即為全部網路連線使用代理進行，直連則是直接訪問網路而不使用代理，場景則是根據不同使用場合自動切換相關配置。