分辨小白鼠的公母可以通過以下方法：
對於幼鼠，母鼠腹部左右兩側各有一列黑點，這是未發育的乳頭，而雄鼠則沒有這一點。剛剛長毛的小鼠也可以通過這種方法分辨。
對於稍大一些的小鼠，可以觀察肛門處來分辨。成鼠的分辨方法較為簡單，雄鼠臀部有兩個明顯的睪丸，而雌鼠則有兩排乳頭。如果特徵不明顯，可以將小鼠放在底面觀察臀部，有睪丸的就是雄鼠。
對於倉鼠，可以觀察香腺（位於腹部正中央），公倉鼠的香腺通常比母倉鼠的更明顯。公倉鼠的生殖器與肛門之間的距離通常比母倉鼠的要遠。母倉鼠具有乳頭，而雄性倉鼠沒有。雄性倉鼠的體型通常較大，體重較重。
對於剛出生的小倉鼠，性器官還沒有長成，這時可以通過觀察肛門和生殖器之間的距離來分辨。公倉鼠的肛門和生殖器之間的距離比較遠，而母倉鼠的距離比較近。